提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
云水清甜 舞出多彩 青啤优家云南山泉第二届云水文化节总决赛圆满收官******
近日,青啤优家云南山泉第二届云水文化节总决赛在昆明市同德广场举行,“快乐社区”“云水国风”“云水顽潮”三大赛道共46支团队进入总决赛,在活动现场,选手们各显神通,为观众带来了一场视觉与听觉的盛宴。除此之外,青啤优家云南山泉还为到场的消费者准备了多重福利,为昆明的周末增添了一丝乐趣。
12月24日,本届云水文化节“云水顽潮”赛道总决赛率先拉开帷幕。选手们点燃青春热血,以赤诚之心舞动全程,为梦想全力以赴,突破自我。随后少?组Freestyle、齐舞项目、成?组Freestyle2v2、成?组项?季军争夺赛、少?组决赛、齐舞决赛将决赛推向新的高潮。
12月25日,经过海选,半决赛杀出重围的15支“快乐社区”队伍,将精心编排的节目展现给观众,现场掌声和欢呼声不绝于耳。“快乐社区”赛道是为丰富退休人员的生活、为社区文艺积极分子搭建的舞台,旨在传播正能量,用快乐和健康的方式,把社区共建、文化养老落到实处。
25日晚,备受关注和喜爱的“云水国风”“云水顽潮”总决赛巅峰之夜上,云南大山公司负责人表示:“云水文化节是云南山泉响应云南省‘百亿云水’产业建设和‘云品出滇’战略,在青岛啤酒集团国际化视野的指导下,不断挖掘和丰富‘云水’文化内涵,打造的一年一度云南歌舞盛会。随着疫情防控政策的不断优化调整,我国疫情防控已进入新阶段,文化生活和经济市场正有序恢复,云水文化节的成功举办,用热情洋溢的表演,积极向上的态度,提振了市场的信心和活力,激活了沉寂已久的文化活动。”
国风板块精致的妆容、精美的华服和别具一格的道具,伴随着悠扬的国风古韵,一场无与伦比的国风视听盛宴呈现在观众面前。裙裾飘飞,流光如醉,似凌空而下,如隔雾观花,舞一场淋漓尽致,惊艳全场;歌一曲对月临风悠扬醉人。观众似乎穿越了千年,沉醉其中无法自拔。
云南山泉成立20余年来,已为云南千家万户消费者提供了约4亿桶优质好水。云南好山好水孕育出的云南山泉,水源地位于昆明阳宗海风景名胜区,是云南省得天独厚的优质天然软泉水源,pH值大于7.5,并通过国际可持续水管理联盟AWS黄金认证。云南山泉的水源自地下约497米的玄武岩层中,通过深行于地下的密闭管道,软泉水不接触任何外部环境,直达工厂。
青啤优家云南山泉2022第二届云水文化节总决赛的成功举办,为文化生活带来了“人间烟火”,吹响了行业前进的号角。“云水文化节”通过线上线下结合的方式,各圈层共同发力,以文化为舟,载云水出滇,为云南省“百亿云水”产业建设和“云品出滇”战略迈出坚实一步,青啤优家云南山泉也将持续发挥国有企业的担当,继续将云水和云水文化推向更广阔的平台。云南网
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |